De architectuur van de Ben Ezra synagoge niet afwijken van de standaard voor de architectuur van de Koptische kerken. Dit gebeurde omdat het gebouw was oorspronkelijk de Kerk, maar aan het einde van de X eeuw de Kalief Hakim gesloten de Kerk. In meer recente tijden is het gebouw aangekocht door de Joodse gemeenschap, die in die tijd was een groot deel van de Egyptische samenleving. De synagoge werd vernoemd naar Opperrabbijn van Jeruzalem, Abraham Ben Ezra.

Beroemde synagoge die in de NEGENTIENDE eeuw, tijdens de reparatie, het werd ontdekt een schat van duizenden documenten van de XI-XII eeuw.
Onlangs werd de synagoge gerestaureerd.