Het klooster werd gesticht door Donna Maura Dias in 1280 voor de nonnen van Clarissa. Het klooster duurde niet lang, en in 1311 hij is opgehouden te bestaan. In 1316 jaar, de vrouw van koning Dinis I, Koningin Isabella, portugees, gerestaureerd klooster.

De Koningin Isabella portugees genaamd "Holy Queen" vanwege haar uitzonderlijke vroomheid en gerechtigheid. De Koningin was ook bekend om zijn goede karakter, opgericht ziekenhuizen, weeshuizen en scholen. Na de dood van haar man, koning Dinis, ze trok zich terug in het klooster. En in 1336, de Koningin stierf en werd begraven in het klooster in het graf, ingericht in de Gotische stijl. In 1626 Koningin Isabella werd heilig verklaard voor zijn liefde en goede daden.

De eerste architect van het klooster was Domingos Domingues, bekend van zijn werk op de galerijen van het klooster van Alcobaça. Vervolg van het werk van deze architect, Estevao Dominguez, die bekend was voor zijn werk op de galerijen van de Kathedraal van Lissabon. In 1330 de inwijding van de tempel, en later naar het zuidelijke deel van de gemeente werd toegevoegd aan het klooster. Het klooster is heel vaak gepresenteerd cash donaties en giften. In het begin van de zestiende eeuw werd de Kerk ingericht met Sevilliaanse tegels en geïnstalleerd nieuwe altaren.

Zo ver als het klooster en de Kerk werden gebouwd op de linkeroever van de rivier de Mondego, in het jaar van het gebouw werden overspoeld overstroomde wateren van de rivier. En gedurende enkele eeuwen het klooster is overspoeld vele malen. Als gevolg van het frequente overstromingen in het klooster was het onmogelijk om te blijven, en koning John IV besteld om het gebouw te verlaten en te verhuizen naar een nieuw klooster, het klooster van Santa Clara-a-Nova, gebouwd op een heuvel in de buurt van het oude gebouw. Het graf met de as van Koningin Isabel en andere Koninklijke personen werd verplaatst naar het nieuwe gebouw.

Na verloop van tijd, het oude klooster in puin. In 1910 werd het gebouw opgenomen is in de lijst van monumenten van nationale betekenis, en sommige verbouwingen werden uitgevoerd in de eerste helft van de twintigste eeuw.