De bouw van het nieuwe gebouw van het klooster van Santa Clara in Coimbra was begonnen in 1649. Het oude klooster, gebouwd in de late XIII eeuw, werd vernietigd, en er werd besloten tot het oprichten van een nieuw gebouw voor de nonnen van de orde van St. Clare.

Het project van het klooster heeft een Benedictijner monnik en de Koninklijke architect Joao Turriano, de bouw werd geleid door de Koninklijke architect Mateus do Couto heeft. De bouw van het nieuwe gebouw lang genoeg geduurd. In 1677, in het nieuwe gebouw van het klooster, die bekend is geworden als het klooster van Santa Clara-a-Nova, joeg de nonnen. In 1696 de inwijding van de tempel.

De belangrijkste portaal van de abdijkerk is versierd met het Koninklijk wapen ondersteund door twee engelen. Het interieur van de tempel is gemaakt in de Barokke stijl. De Kerk heeft een schip, het transept ontbreekt. De zijkapellen en de belangrijkste kapel is versierd met 14 altaar beelden van de XVII eeuw in de stijl van "Talia Dorada" - altaar schilderijen ingelijst in gesneden en verguld hout. Daarnaast is er een nieuw klooster werd verplaatst naar het graf met de as van de portugese Koningin Isabel, de stichteres van het klooster. Na de dood van haar man, koning Dinis, de Koningin was in Coimbra Santa Clara klooster tot aan zijn dood en werd aldaar begraven. Daarom, onder de lokale bewoners van deze woning wordt ook wel het klooster van Koningin Isabella. Het graf met de as is gemaakt van zilver en van kristal, is gelegen in de buurt van het hoofdaltaar van de Kerk. Voor de Kerk staat een standbeeld van Koningin Isabella, door de beeldhouwer Antonio Teixeira Lopes in de negentiende eeuw.

In 1733 aan het klooster werden kloosters gebouwd in de Renaissance stijl. De bouw van deze galerijen werd geleid door de hongaarse architect Carlos Mardel.