Toen de spaanse koloniale troepen begonnen met de verovering van Peru, de stad Cuzco was een van de bolwerken van de macht in het Inca-Rijk. De bewoners zijn fel verdedigd, twee keer de stad doorgegeven van hand tot hand, voor de Inca ' in 1536 trokken zich terug. De Katholieke Kerk heeft heel serieus genomen met de bouw van de Kathedraal in een zo belangrijke koloniale stad in de regio. Kathedraal van Santo Domingo, die ook wel de Kathedraal van Santa Maria Assunta, gebouwd met zorg en aandacht voor detail, terwijl de bouw duurde meer dan een eeuw. Vandaag is de Kathedraal is een van de belangrijkste en meest populaire toeristische bestemmingen in Cuzco, en vanwege haar belang in de geschiedenis van de stad, en is vanwege de prachtige architectuur.

Tijdens de komst van de spaanse veroveraars in Cusco de belangrijkste en meest zichtbare Kerk in de stad was de Koricancha tempel, gewijd aan de zonnegod Inti. Veel historici geloven dat deze tempel was de meest heilig voor de Inca-Rijk. De Spanjaarden besloten op de site van de tempel van de Inca ' s om te bouwen zijn Kathedraal, en gebruikt een groot deel van het bouwmateriaal, het onderzoeken van de Koricancha tempel. Vandaag de dag kunnen bezoekers nog steeds een kleine hoeveelheid van de verwoeste muren van de tempel van de Inca ' s in de buurt van de achterkant van de Kathedraal.

Een kleine Kerk bekend als de Kerk van Triumph, werd gebouwd in 1536, kort nadat de stad werd veroverd. Maar zodra de spaanse autoriteiten in deze gebieden gevestigd in de stad begonnen aan de bouw van een veel meer grootse en indrukwekkende Kathedraal. De plannen werden opgesteld door de spaanse architect Juan Miguel-de Veramendi. De Kathedraal is gebouwd in Gotische en Renaissance stijl die typisch spaanse religieuze architectuur in die tijd. Hoewel er enkele tekenen van de aanwezigheid van de Inca invloed in de religieuze symboliek van het gebouw, waaronder het hoofd van een Jaguar bij de hoofdingang van de Kathedraal. De bouw van de Kathedraal begon in 1559. De meerderheid van de bevolking van de Inca ' s werd gebruikt voor het verrichten van zwaar werk in de bouw van de tempel.

Door de eeuwen heen de Kathedraal is uitgegroeid tot de thuisbasis van een aantal belangrijke religieuze artefacten, waaronder het beroemde beeld van de Zwarte Christus, die is donker met kaarsen voor meerdere eeuwen. Er wordt aangenomen dat dit beeld heeft de Kerk om te overleven en om te overleven na een verwoestende aardbeving in 1650. Op de rechter toren van de Kathedraal is een grote klok Maria Angola bell, meer dan 2 meter hoog, met een gewicht van ongeveer 6 ton. De beltoon kan worden gehoord op een afstand van twintig kilometer. De Kathedraal herbergt een indrukwekkende collectie kunst verspreid over meerdere eeuwen, waaronder schilderijen 1650, die de oudste in de stad.