In 1647 de stad Eisenstadt was onder de heerschappij van het prinselijk huis van Esterhazy dat had een grote invloed op de stad en leidde tot positieve veranderingen. In 1648 door Keizer Ferdinand III Eisenstadt werd een vrije stad door de betaling van de terugkoopprijs in het bedrag van 16.000 gulden en 3.000 vaten wijn. In 1670 Paul, mag ik verblijf in Eisenstadt en zes nabijgelegen nederzettingen van 3.000 Joden die zijn verdreven uit Wenen. Rabbijn van de stad was Samson Wertheimer, die zelf werd begraven op de oude Joodse begraafplaats.

Er is een behoefte in de graveyard. Zo was er de oude Joodse begraafplaats in de 17e eeuw in de buurt van de Joodse wijk. De oude begraafplaats was in gebruik vanaf 1679 voor de jaren 1875 en bestond uit ongeveer 1140 grafstenen alleen met inscripties in het hebreeuws. Vanwege de beperkte ruimte, in de buurt van de oude begraafplaats werd gecreëerd. De nieuwe begraafplaats werd in gebruik sinds 1875.

Tijdens de Nazi-bezetting van beide begraafplaatsen werden gedeeltelijk vernietigd, en de grafstenen werden gebruikt voor de bouw van de barrière rond de stad. Na 1945 werd de begraafplaats gerenoveerd en haar monumenten werden geplaatst. In 1992 werd een nieuwe begraafplaats heeft gevandaliseerd: ongeveer 80 grafstenen werden geschonden met Nazi-symbolen.

Begraafplaats in Eisenstadt verschilt van andere oude Joodse begraafplaatsen ontbreken van vegetatie. Echter, het heeft een grote gelijkenis in vorm en verschijning met het Wenen begraafplaats. Dit is omdat de eerste kolonisten waren Weense emigranten. Voor de ingang van de oude begraafplaats werd gemaakt met behulp van prachtige semi-cirkelvormige metalen hekken, echter, in de huidige tijd, ze hebben het niet overleefd. Beide begraafplaatsen zijn toegankelijk voor het publiek.