Museum van de stad Kobe werd geopend in 1982. Dit is één van de vele musea in Japan die er bestaan met de steun van de gemeente. Het is gevestigd in een gebouw gebouwd in neoklassieke architectuur in 1935. Het gebouw lijkt op een griekse tempel met Dorische zuilen aan de voorzijde. Het Museum heeft gefunctioneerd als een tak van de Bank van Tokyo. Het gebouw werd beschadigd tijdens de Grote Hanshin-aardbeving van 1995 echter, een jaar na de restauratie van het Museum zijn werkzaamheden hervat. Het is opmerkelijk dat de collectie van het Museum, inclusief de daar opgeslagen nationale schatten, was niet gewond.

De collectie van het Museum gezamenlijke collecties van beide musea – het Museum van archeologie en kunst, het stedelijk Museum van nanban kunst van de zestiende eeuw (of "zuidelijke barbaren", zoals het genoemd werd in Japan alle buitenlanders, aan het begin van de portugezen, en dan de andere Europeanen die zich in het Zuiden van het land).

De collectie omvat 39 duizend items, waaronder archeologische vondsten, kunstwerken, oude kaarten en historische documenten en artefacten met betrekking tot de geschiedenis van de stad Kobe. De geschiedenis van de stad is hier vertegenwoordigd, van de vroegste tijden tot de aardbeving van 1995 en de daaropvolgende restauratie van de stad. In een aparte tentoonstelling met objecten die gevonden worden in de Kitano wijk-die op die landen die deel uitmaakten van de buitenlandse concessies.

Sinds Kobe sinds de oudheid is een port van internationaal belang, werd besloten tot aanwijzing van het concept van het Museum van de stad als de interactie van Oosterse en Westerse culturen. Het Museum toont de geschiedenis van de culturele uitwisseling van Japan met de landen van Oost-Azië – Korea, China en de cultuur van Japan tijdens de Edo-periode, wanneer de directe communicatie met andere landen was vrijwel non-existent en de Meiji-periode, toen de Europese cultuur heeft misschien wel het meest tastbare impact op het leven van de Japanners.