De Kerk van Santa Cruz werd gebouwd door Jezuïeten monniken in 1608 als de Kerk voor de Chinese immigranten in Manila, van wie velen aanvaard het Christelijk geloof. Wanneer de Jezuïeten werden verdreven uit de Filippijnen, de Kerk kwam in het bezit van de paters-Dominicanen. De Kerk was bijna twee keer verwoest door aardbevingen en werd ernstig beschadigd tijdens de beroemde Slag van Manila in februari 1945, die een einde aan bijna drie jaren van bezetting door de Japanners.

Toen in 1571, Manila werd uitgeroepen tot de hoofdstad van de Filippijnse archipel, werd het veranderd in de gelijkenis van een middeleeuwse Europese stad met kerken, paleizen en gemeentehuizen gebouwd in de spaanse Barok stijl. Het huidige gebouw van de Kerk van Santa Cruz, gerenoveerd in 1957 gerestaureerd naar zijn oorspronkelijke vorm. Echter, in zijn toren ziet u sporen typische Aziatische bouwstijl. Het altaar van de Kerk op het eerste gezicht lijkt enigszins ingetogen, maar zijn verlichting design prachtig.

De Kerk van Santa Cruz is gelegen in de Plaza Lacson (voorheen Vierkante Goyte), dicht bij de beroemde Fontein van Carriedo, in 1882 gebouwd ter ere van "de grootste weldoener van de Filipijnen" Francisco Carriedo, die geschonken 10 duizend peso ' s voor de aanleg van de eerste metro Manila water systeem.