Urakami Cathedral is de exacte kopie van de Kathedraal, die stond bijna op deze plek voor de tragische gebeurtenissen van 9 augustus 1945. De explosie van de atoombom op Nagasaki, was er vijfhonderd meter van de tempel. Op het moment van de ramp in de Kathedraal werd uitgevoerd goddelijke dienst, en alle aanwezigen parochianen werden gedood. Van de Kathedraal bleef van de muur, die was overeengekomen te houden als herinnering aan de tragedie zich heeft voorgedaan hier. Andere delen van het gebouw worden tentoongesteld in het Museum van de atoombom in de nieuwe Kathedraal, die werd geopend in 1980.

Een andere naam voor de Kerk is de Kathedraal van de Onbevlekte Ontvangenis van de heilige maagd Maria. Vóór het bombardement, werd hij beschouwd als de grootste Katholieke Kathedraal in Zuid-Oost-Azië. Vandaag de dag is het een Kathedraal van het Aartsbisdom van Nagasaki.

Bewoners van de wijk van Urakami, is nu opgenomen in de stad Nagasaki, bijna alle beweerde tot het Katholicisme. In de periode van 1869 tot 1873 Christenen wonen in Urakami, is vervolgd: 650 mensen zijn overleden, anderen verlieten de stad. In 1873 ging terug en begon met de bouw van een Katholieke Kerk. De tempel werd gebouwd van rode baksteen in de Romaanse stijl en geopend in 1925.

Na de Tweede wereldoorlog, de stad van de regering en de Katholieke Christenen Urakami niet in staat is geweest om tot een wederzijds bevredigende beslissing over waar te beginnen met de bouw van een nieuwe Kerk. De vertegenwoordigers van de Katholieke Kerk erop dat de nieuwe Kathedraal moet staan op dezelfde plek waar de voormalige, in het geheugen van degenen die worden vervolgd en gedood door de vervolging van de gelovigen. Ambtenaren van de stad geloofde dat de resten van het gebouw moet worden achtergelaten als bewijs van de verschrikkelijke gevolgen van de atoombommen en aangeboden voor de Kathedraal een nieuwe locatie, iets uit de buurt van de ruïnes van de oude. Dit conflict duurde bijna twee decennia. Vandaag de overblijfselen van het oude gebouw zijn opgenomen in het memorial Peace Park.