De eerste Universiteit van pécs verscheen in 1367, een van de oudste in Midden-Europa, koning Lodewijk de Grote, ze ging onder tijdens de turkse bezetting. In 1921, het voormalige hongaarse Universiteit in Bratislava. Bratislava, de hongaarse : Pozhon ) verplaatst naar pécs, het rezultata de Janus Pannonius Universiteit ( Janus Pannonius Tudományegyetem, JPTE ).

De eerste Universiteit van pécs werd opgericht door Lodewijk I van Hongarije in 1367. Heeft bestaan als een unified educatief centrum voor enkele tientallen jaren, in het midden van de 15e eeuw was het verdeeld in twee scholen van jurisprudentie en theologie. Tijdens de turkse bezetting, de Universiteit werd gesloten, en opende zijn deuren pas in 1785, toen Joseph II verplaatst de Koninklijke Academie van győr in pécs. In 1802 werd de Royal Academy terug in győr in opdracht van frans I, en de instellingen van het hoger onderwijs in pécs was niet tot 1833, toen de Bisschop van pécs onder auspiciën van de Senaat opgericht in pécs Academy met de faculteiten recht en filosofie.

De moderne Universiteit van pécs werd in 1912 opgericht en was oorspronkelijk gevestigd in Pozhon (het huidige Bratislava). Na de Eerste wereldoorlog Pozhon was aneksiroval uit Hongarije, en in 1921, de Universiteit verplaatst naar pécs, waar hij nog steeds aan deze dag. In 1951 de faculteit van de geneeskunde werd gescheiden, en tot 2000 was een aparte instelling. In 1982, de Universiteit kreeg de naam van Janus Pannonius. De huidige Universiteit van pécs werd opgericht op 1 januari 2000 uit de fusie van Janus Universiteit van Pannonia, Medische Universiteit en de teachers College.