Kerk van Maria Magdalena ligt in de wijk södermalm. De geschiedenis van de Kerk dateert uit 1350 jaar, toen de koning Magnus Eriksson met de toestemming van Paus Clemens VI bouwde een kapel gewijd aan Maria Magdalena. Het uiterlijk van het gebouw in die jaren zijn slecht gedocumenteerd zijn, en alleen bestaande koperen gravure toont de kapel als een klein gebouw met een hoge toren bekroond met een puntig kruisbloem.

In het begin van 1520-ies Gustav Vasa bevrijd van Stockholm, en zijn troepen, geleid door Peder Fredagen kampeerden in de kapel, maar ze leden zware verliezen bij de deense troepen van Christian II viel ze van de stad. Deze gebeurtenis kan zijn een van de belangrijkste redenen waarom de Gustav Vasa vernietigd alle kerken, kloosters en kapellen in de omgeving, na de invoering van het Protestantisme in 1527, met inbegrip van de kapel van Maria Magdalena. Echter, zijn zoon, koning jan III, begonnen met de bouw van een nieuwe tempel op de site van de kapel in 1588. Echter, aan zijn dood in 1592 onderbroken de lopende werkzaamheden en de Kerk bleef onvoltooid tot 1634.

De architect Nicodemus Tessin Tessin de oudere en de Jongere nam de bouw en de Kerk werd gebouwd in de Barokke stijl. De spits, die werd beschouwd als de mooiste in Stockholm, werd verwoest in een brand in 1759, die ook vernietigd 300 andere gebouwen in de omgeving. Carl Johan Cronstedt kreeg de opdracht om de Kerk te herstellen, en zijn project werd voltooid in 1763. Hij behield veel van het oorspronkelijke ontwerp. De restauratie van het interieur van de Kerk van Maria Magdalena werd gehouden in 1927, werd geïnstalleerd en de eerste lichaam, de tweede in 1986.