Een oude legende vertelt dat in 1364 litouwse edelman met de naam Gostautas, heeft uitgenodigd 14 Franciscaner monniken en gaf ze een thuis dus ze kunnen zich te vestigen in het land. Wanneer Gostautas links, alle monniken gedood. Enige tijd later, de edelman uitgenodigd andere Franciscaner monniken. Nieuwe monniken hij leefde in een andere plaats, en de plaats van de vermoorde monniken had hij bouwde een Kerk, genoemd ter ere van het Heilige kruis.

In 1524 is de Kerk afgebrand. In 1635, in deze plaats woonden de priesters bonifati. Ze begonnen met hun activiteiten, bouwde een nieuwe Kerk van het Heilige kruis, opgericht in de buurt van het klooster met dezelfde naam en is geopend in het klooster ziekenhuis. Later in het ziekenhuis werd omgebouwd tot een onderkomen voor de geesteszieken. Kerk van Gostautas was gereserveerd voor de monastieke gebouwen. Psychiatrisch ziekenhuis bediend hier tot in 1903, toen hij werd overgeplaatst naar de nieuwe gebouwen gebouwd speciaal voor de psychiatrische ziekenhuizen.

In 1737 werd de Kerk weer verbrand. In 1748 werd de Kerk gerestaureerd, volledig gerenoveerd interieur, ingedeeld in zes altaren, en werd geïnstalleerd in de Kerk, preekstoel, gebouwd in de Barokke stijl. Ook in de Barokke stijl van de gevel en het gebouw van het klooster. Hoewel na deze restauratie is de buitenkant van het gebouw verscheen en Rococo elementen. Binnen in de tempel staat majestueus op een ruime stenen kruisvormige bogen. Interessante combinatie van architectonische elementen van de Barok, de Rococo en het neo-Rococo.

Op het terrein van de tempel is een veer, die wordt beschouwd als miraculeus. De legendes zeggen dat de bron verscheen plotseling in de buurt van het standbeeld van de Onbevlekte Ontvangenis. Dit is de plaats waar hij werd gemarteld, gedood monniken, de Franciscanen. Zeg vooral gunstig dit water op patiënten die lijden aan oogziekten.

In de Kerk is er een miraculeuze kruis, die is gemonteerd boven het altaar. Onder het kruis is het beeld van de heilige maagd Maria met het kind. Het is aannemelijk dat de foto is geschilderd in de 17e eeuw, maar de authentieke herkomst van het schilderij is onbekend. Ze is ook gerangschikt als de wonderbaarlijke creaties. De kopie van het wonderbaarlijke schilderij van de heilige maagd Maria en kind, in de vorm van fresco ' s te zien op de voorgevel van de Kerk. Het is onder een gebogen fronton, gebouwd in 1737 tussen de twee zijde van de torens van de Kerk.

Tussen 1914 en 1924, hield de Kerk een speciale dienst voor studenten in het litouws scholen. Tijdens de periode van Vilnius werd bezet door Polen, niet in de Kerk werd uitgevoerd in de litouwse taal.In 1843 werd het Bevel van God was afgeschaft, en de Heilige plaats werden alleen hun vertegenwoordiging. In 1909 werd de Kerk weer hersteld. Aan het einde van de Eerste wereldoorlog, in 1924, Bisschop Jurgis Matulaitis werd uitgenodigd door God om terug te keren naar het klooster van het Heilige kruis. De monniken terug te keren naar het klooster was erg snel. Ze herstelde de Kerk, gebouwd in zes altaren. Ze organiseerden ook bij het Heilige huis van toevlucht voor de ouderen en gaarkeuken voor de armen "Caritas".

Aan het begin van de Tweede wereldoorlog zijn de broers uit Vilna werden ingetrokken, in de orde van God. In 1947 werd het klooster beschutte zusters van de congregatie van de Onbevlekte Ontvangenis van de heilige maagd Maria". Echter, ze domineerden hier een tijdje. De Sovjet-autoriteiten gesloten in 1949, het klooster en de tempel. In de gebouwen van het klooster werden gelegen residentiële appartementen.

In 1976, werd de tempel gerestaureerd en ingericht in de concertzaal van de Vilnius Philharmonic, de zogenaamde "Kleine zaal van de Barok". Er waren concerten van orgel muziek.

De Vilnius Aartsbisdom terug ontvangen hun gebouwen van net na de verandering van het regime in 1990. De Kerk en het klooster gebouwen werden gerestaureerd, geheiligd en opnieuw verzonden naar de nonnen van de congregatie van de zusters van de Onbevlekte Ontvangenis van de heilige maagd Maria".