Universiteit van Zagreb is de oudste, niet alleen in Kroatië, maar ook in Zuid-Oost-Europa. De datum van de officiële opgericht 23 September 1669, toen de Romeinse Keizer en de hongaars-kroatische koning Leopold I vaardigde een wet die erkent de rechten en de status van de Universitaire onderwijsinstellingen van de voormalige Jezuïet Academie, die worden geëxploiteerd op het grondgebied van de vrije Koninklijke stad van Zagreb, de voormalige hoofdstad van het Koninkrijk van Kroatië en Slavonië. Deze datum is de vroege geschiedenis van de Universiteit van Zagreb in haar strijd voor de uitvoering van de ontvangen rechten en aan verdient een plaats onder de gerespecteerde en meest prestigieuze universiteiten en academies in Centraal-Europa.

De geschiedenis van de Universiteit van Zagreb in zijn moderne vorm begint met initiatieven gykovskogo Bisschop en een prominente kroatische weldoener Josip Juraj Strossmayer, toen hij in 1861 voorgesteld te organiseren in de Universiteit met vier faculteiten: de medische, theologische, filosofische en juridische. Het voorstel werd geacht voor meerdere jaren, en in 1874, het kroatische Parlement het initiatief en gaf een besluit "Over de Universiteit". In hetzelfde jaar, de Universiteit veranderde haar naam en werd bekend als de Moderne Universiteit van Zagreb.

Sinds 1990-er jaren, de Universiteit had ontvangen, een grotere autonomie, op hetzelfde moment begon de toetreding tot de Bologna-proces.