Het archeologisch Museum van Agios Nikolaos ligt ten Noorden van lake Voulismeni op Paleologos straat, 74, op een paar minuten lopen van het centrum van de stad. Het Museum werd opgericht in 1970 en heeft een rijke collectie van archeologische vondsten uit de Provincie Lasithi.

De expositie wordt gehouden in de acht hallen en heeft een grote historische periode van het Neolithicum tot de Romeinse tijd. De collectie van het Museum omvat keramiek, natuursteen producten, beeld, beeldjes, glaswerk, huishoudelijke artikelen, een verscheidenheid van funeraire artefacten, gouden sieraden, brons en ivoor, zeldzame voorwerpen van de children ' s graf, en meer.

De meest indrukwekkende tentoonstelling van het Museum is de schedel van een jonge man, werd gevonden in een Romeinse begraafplaats in de Potamos in de buurt van de stad. De schedel dateert uit de 1e eeuw ad en gekroond met een Gouden diadeem in de vorm van olijfolie bladeren. In de mond van de schedel was een zilveren munt van de stad Polyrinia (West-Kreta), die werd gedateerd op het bewind van de Romeinse Keizer Tiberius. Munt, volgens de oude traditie, was het oordeel van de vervoerder van de zielen te Charon in de onderwereld Hades over de rivier de Styx.

Van bijzonder interesse zijn de voorwerpen, ontdekt tijdens de opgravingen van de Minoïsche begraafplaats van Agia fotia. Het is een prehistorische begraafplaats, waar het werd gevonden 260 Minoïsche graven, is de grootste archeologische site van Kreta. Hier vinden 1600 verschillende schepen die zonder behulp van een draaischijf en in zijn stijl is vergelijkbaar met Cycladische kunst.

Het Museum heeft ook artefacten uit de Minoische nederzetting van Myrtos, waarvan de belangrijkste wordt beschouwd als de "Godin van Myrtos" - een schip in de vorm van een vrouwelijke figuur. Toont het Museum ook voorwerpen uit het Minoïsche Paleis van Malia, met inbegrip van een prachtige stenen schip in de vorm van een Triton shell.

Archeologisch Museum van Agios Nikolaos is één van de belangrijkste musea van het eiland Kreta.