De Kerk van San Sebastian ligt op een heuvel, dicht bij de vismarkt, in het Noordelijke deel van het oude centrum van Lagos. Deze locatie biedt een prachtig panoramisch uitzicht over de Baai. De Kerk wordt beschouwd als één van de oudste en mooiste kerken in de stad.

Nog voordat de Kerk werd gebouwd op deze plaats in 1325 was er een kapel van de Onbevlekte Ontvangenis van de heilige maagd Maria. In 1463 Bisschop van são joão de Mello bijgedragen aan het feit dat op deze plek een Kerk gebouwd. In 1490 in opdracht van de koning van Portugal, don são joão II, werden opnieuw uitgevoerd van de wederopbouw, en de Kerk werd uitgebreid. Na deze Kerk werd ingewijd als de Kerk van San Sebastian San Sebastian Kerk). Helaas, zoals gebeurde met veel historische gebouwen in Portugal, was de Kerk bijna geheel verwoest in de aardbeving van Lissabon in 1755. De Kerk werd hersteld, en twee eeuwen later was de Kerk opnieuw verwoest door een aardbeving, die zich in 1969. Na verloop van tijd, werd de Kerk opnieuw gerestaureerd.

Binnen in de Kerk van de drie schepen die worden gescheiden door Dorische zuilen. De oorspronkelijke hoofdaltaar van de Kerk dateert uit de ZESTIENDE eeuw. Het altaar bestaat uit vier panelen. Er wordt van uitgegaan dat deze panelen zijn gemaakt door een van de beroemdste kunstenaars van de Algarve in de zestiende eeuw Alvaro Dias. De Kerk hield de oude plattegrond van de stad. In 1828 het was gekoppeld aan de kerktoren met klok.

In 1924 werd de Kerk van San Sebastian werd opgenomen in de lijst van monumenten van nationaal belang.