Oorspronkelijk op de site van het Paleis van Ajuda was een houten gebouw, gebouwd voor de Koninklijke familie, die besloten heeft dat te doen na de aardbeving in 1755. Dit gebouw werd ook wel "de Koninklijke hut" of "Houten kasteel". Een brand verwoest in 1795, en in zijn plaats werd gebouwd op een stenen Paleis.

Het gebouw is gebouwd onder leiding van architect Manuel Siteno de Souza, die gepland had om het te maken in de stijl van de late Barok - Rococo. Later wordt de bouw werd voortgezet door de architecten josé da Costa en Francisco Xavier Fabri, maar het gebouw werd gebouwd in de neoklassieke stijl. De bouw duurde tot 1807, en was nog niet klaar. Het Paleis werd bezet door de troepen van Napoleon en de Koninklijke familie werd gedwongen te vertrekken uit Portugal en nemen hun toevlucht in Brazilië. Bouw langzaam, soms gestopt, wordt de weergave van het Paleis is gevarieerd in het licht van het feit dat in elke fase van de bouw was een andere architect. In 1826 is het Paleis weer werd het een Koninklijke residentie. In 1910 werd het Paleis gesloten na de proclamatie van de Republiek en geopend als een Museum in 1968.

Het Museum herbergt een prachtige collectie werken van kunst, te beginnen vanaf de vijftiende tot de twintigste eeuw. Alle kamers zijn ingericht met meubels in de stijl van Lodewijk XV, tapijten en beelden. In het Paleis een hoop extravagante decoratieve objecten. Een dergelijke overvloed aan luxe was het resultaat van een ongekende rijkdom in de achttiende eeuw, toen voor het eerst in de Braziliaanse diamanten werden ontdekt. Een prachtige Serre, een ballroom, een zaal van de Ambassadeur, en onze Feestzaal en Troon zalen.

Nog steeds werd het Paleis gebruikt door de regering van Portugal voor het hosten van de officiële plechtigheden.