In de Japanse geschiedenis er waren tijden dat de heersers stimuleerde de verspreiding van het Christendom, en de periodes waarin geïmporteerd uit het buitenland creed was in ongenade, en zijn volgelingen waren wreed. In de XV en XVI eeuw, het Christendom verspreidde zich snel in de Eilanden van de archipel, maar aan het einde van de zestiende eeuw was verboden, en de mensen van Japan beoefend in het geheim. Inwoners van Nagasaki werden gedwongen elk jaar om te bewijzen dat zij geen Christenen zijn. Voor deze, ze aangeboden overboord te gooien en het beeld van Jezus Christus en Moeder van God, en dit ritueel moesten ze gaan door tot het midden van de negentiende eeuw. In het Algemeen, het Christendom werd verboden in Japan voor twee en een halve eeuw in deze tijd werden geëxecuteerd, gemarteld of gedeporteerd duizenden mensen die beweerden deze religie.

5 februari 1597 bij Nagasaki werden publiekelijk uitgevoerd voor missionaire activiteit 26 mensen, waaronder 20 Japans, vier Spanjaarden, evenals Mexicaans en Indiaas. In opdracht van de regerend shogun Toyotomi Hideyoshi de gearresteerde Christenen werden gemarteld en vervolgens naar Nagasaki en gekruisigd op kruist geïnstalleerd op de heuvel van Nishizaka. Na de uitvoering van de martelaren kwamen om te worden vereerd als heiligen en te erkennen dat ze een verscheidenheid van prachtige acts. Honderd jaar na de heiligverklaring in 1962 op de heuvel hebben geopend een monument en een Museum. Op 6 februari, de Katholieke Kerk in Japan viert hun geheugen.

In de collectie van het Museum bevat belangrijke historische documenten meegenomen uit Europa en gemaakt in Japan, werken van kunst, van de vroege periode van het Christendom in Japan. Blootstelling in chronologische volgorde bezoekers kennismaken met de periode van het vroege Christendom, en in tijden van vervolging van Christenen en het geheime leven van de Katholieken in de periode van zelf-isolatie.

Momenteel is het Christendom is de derde grootste religies in Japan na het Boeddhisme en Shinto. In het begin van de XXI eeuw waren er ongeveer 2, 5 miljoen Christenen, meestal Katholiek.