De Kerk van San Pedro de Atacama ligt in het gelijknamige plein van de stad. Het is een belangrijk architectonisch monument en een van de oudste kerken in het land.

Zijn er documenten waaruit blijkt dat in 1557 op de site was een kapel, die dienst deed als een priester van don cristóbal díaz de Los Santos. De huidige Kerk werd gebouwd op de plaats van een kapel Dateert uit het jaar 1745. 41 m in lengte en 7 m en 5 m in de breedte, de Kerk van San Pedro de Atacama lijkt op een enorm schip, wonder boven wonder vond zichzelf terug in de Atacama woestijn. In de Kerk is een ruim schip, transept en sierlijke bogen. Het altaar van de Kerk, waarschijnlijk de enige van zijn soort in Chili, gemaakt in de Barokke stijl en wordt gescheiden door kolommen in drie delen met nissen.

Vanuit het Westen de Kerk werd de klokkentoren met vier klokken, gebouwd in 1782. Maar in 1860 werd de toren verwoest. In de late negentiende eeuw op deze plaats verrees een houten klokkentoren, die werd vervangen door een steen in 1964, tijdens de volgende heropbouw van de Kerk.

Het belangrijkste materiaal dat werd gebruikt in de bouw van de Kerk, steen en kalksteen. Het altaar en bogen uitgehouwen uit steen. Het dak is met rieten dak en de wanden zijn afgewerkt met kalkspecie.

De Kerk van San Pedro de Atacama werd uitgeroepen tot een nationaal monument van Chili in 1951.